Najistotniejszym i właściwie jedynym bezpośrednim zagrożeniem dla ochrony siedlisk napiaskowych na terenie Pustyni Błędowskiej jest sukcesja naturalna, czyli w tym przypadku zarastanie otwartych terenów luźnych piasków i muraw napiaskowych przez sosnę zwyczajną, brzozę brodawkowatą i sztucznie wprowadzone gatunki wierzb - wierzbę piaskową oraz wierzbę ostrolistną (kaspijską). Część południowa pustyni jest już niemal całkowicie zarośnięta. Porównanie map z 1958 roku i aktualnych zdjęć lotniczych wskazuje, że renaturyzacji można poddać na terenie całego obszaru Natura 2000 480 ha stopniowo zarastających siedlisk napiaskowych. Problem ten zostanie rozwiązany przez usuwanie drzew i krzewów na powierzchni 300 ha. Na pozostałej powierzchni 180 ha będzie prowadzony monitoring procesu sukcesji wtórnej, czyli zostanie ten teren pozostawione jako powierzchnie kontrolne do badan naukowych i monitoringowych, co umożliwi kompleksową analizę dynamiki roślinności i zmian bioróżnorodności.

Pustynia Błędowska stanowi unikatowy ekosystem w skali europejskiej. Jest największym w Europie Środkowej zwartym, śródlądowym obszarem występowania piasków wydmowych z interesującymi formami geomorfologicznymi typowymi dla krajobrazu pustynnego, licznymi rzadkimi i chronionymi gatunkami flory i fauny oraz zbiorowiskami muraw piaskowych. Łącznie odnotowano tu występowanie 4 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG, jednak najistotniejsze przedmioty ochrony to dwa siedliska napiaskowe: 2330 – wydmy śródlądowe z murawami napiaskowymi oraz priorytetowe 6120 – ciepłolubne, śródlądowe murawy napiaskowe (Koelerion glaucae).

W raporcie o stanie siedlisk przyrodniczych w polskiej części regionu Kontynentalnego, opracowanym przez Ministerstwo Środowiska w roku 2007, stan zachowania tych dwóch siedlisk przyrodniczych został oceniony na U2 (zły). Oznacza to, że musimy podjąć natychmiastowe działania w celu zachowania tych siedlisk w naszym kraju poprzez pilne wdrożenie działań ochronnych w ramach sieci Natura 2000.

Zasoby tych siedlisk w obszarze Natura 2000 „Pustynia Błędowska” gdzie były prowadzone prace renaturyzacyjne obejmują odpowiednio – dla 6120: 6,3 %, natomiast dla 2330: 3,9 % całych polskich zasobów chronionych w sieci Natura 2000. Pod względem całkowitej powierzchni priorytetowych muraw napiaskowych Pustynia Błędowska znajduje się na trzecim miejscu wśród polskich specjalnych obszarów ochrony siedlisk, natomiast ze względu na ochronę wydm śródlądowych – na piątym. Spośród tych obszarów Pustynia Błędowska jest niewątpliwie najbardziej znanym i spektakularnym polskim przykładem wytworzenia się ekosystemów napiaskowych.

Demonstracyjne wdrożenie aktywnej ochrony Pustyni umożliwi znaczną poprawę stanu tych siedlisk w Polsce zarówno poprzez uzyskanie bezpośredniego efektu ekologicznego w tym obszarze Natura 2000, jak i przetestowanie oraz rozpowszechnienie dobrych praktyk takiej ochrony w innych, podobnych obszarach w całej Polsce i Europie.